Như Báo CAND đã đưa tin, ông Khởi bị kỷ luật vì trong quá trình lãnh đạo, điều hành đã thiếu rà soát, giám sát đã để xảy ra những sơ sót trong dùng sai mục đích số tiền trên 565 triệu đồng thu từ nguồn đào tạo nghề cho lao động nông thôn; duyệt phí tổn BQL dự án mua sắm trang thiết bị trong khi BQL dự án không đủ năng lực theo quy định; ít không chính xác số học trò chuyệ̉n tiếp và số học sinh tuyển sinh mới của trường và để lại trường dùng số tiền trên 1,844 tỷ đồng thay vì trả về ngân sách.